Cũng như một số vị thần khác, mối quan hệ gia đình của nữ thần này có nhiều điều khó hiểu. Bà được coi là vợ của Horus, nên còn gọi bà là "Ngôi nhà của Horus", nghĩa là "cả bầu trời", vì dưới dạng diều hâu, Horus thường bay lượn trên trời[1]. Cả 2 có với nhau một người con gái, là thần chết phương tây Amentet. Đôi khi, Hathor được xem là hiện thân của con gái mình.

Trong thần thoại khác, bà lấy Horus-Behdety (thần mặt trời giữa trưa, không phải Horus, con trai của Osiris và Isis), có con trai là Ihy (thần âm nhạc và khiêu vũ). Cả 3 được thờ tại Iunet[1]. Bà được coi là con gái của Ra, nhưng khi Ra và Horus kết hợp thành Ra-Horakty thì bà lại là con gái, đồng thời là vợ của Ra.

Và tại Kom Ombo, thần cá sấu Sobek lại được thờ với Hathor và con trai Khonsu (vốn là con của Amun và Mut)[5]. Đôi khi bà lại được cho là mẹ của 4 người con của Horus.